頂いた質問にお答えします。
商業のものに関する内容については、諸処の事情で回答しきれていないものもあります。ご了承ください。

最終回答日:2018/08/03 9:02(新しいものから上へ追記)

『全体公開』『フォロワー限定』の意味がわかりません。

番外編のことですね。まず重要なことから

本編「理系准教授のはしたなき溺愛」および「番外編:日高くんと板橋さん」の削除/非公開/限定公開は、原則的に完結までありません。完結後も商業化・誰かの権利を侵害した。などの話がない限り、削除しません。(※完結後の改稿で、一時的に非公開になる場合はあります)

・したがって
 本日(7/19)登録したのですが、引き続き拝読できるでしょうか?
 の回答は、「アルファポリスとメクるに掲載しているものは、ずっと読めます」です。

・なお、番外編(日高くんと板橋さん)は現在、アルファポリス様のみ掲載です。

『プライベッター』『全体公開』『フォロワー限定』について説明についてはこちら

おっくんのお母さんが円さん(理系准教授)

おじいさん(母方)が数学者です。
御久山が現在いる大学の数理にいました(今は退任してボストン)。
おじいさんが名前を付けています。
・娘は円
・孫は周
ときているので、ご推察の通り、みなさん、御久山さんに子どもができたら、「絶対に3.14159から始まるアレの完成だ……」と思ってます。
(御久山本人は、「絶対にイヤ……」と思っています)

大学?(理系准教授・外国人医師、他)

モデルにつきましては、

・御久山、アズサ、神野、多鹿は、モデルにした大学が同じです。
・皆瀬は違います。(別の大学がモデルです)

・皆瀬、都賀、東條、大神(兄弟)、仁科は同じ。

ただ、モデル(背景の建物の位置などを参考)にしているだけですね。
仮に面識があったとしても、全員、他人に興味がないので、名前を聞いて三時間後に忘れていると思います。
※仁科は東條にいじられてそう。使い倒されてそう。(2019/06/22追加)